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Le croisillon nord du transept abrite l'autel de la remise du rosaire par Marie à l'Enfant, à St Dominique et Ste Rose de Lima, et autour du tableau les quinze mystères du Rosaire. Les superstructures de l'autel sont peintes dans le mur.

En face de cet autel, un tableau montrant l'archange Saint Michel terrassant le démon. Ce saint avait une grande importance auprès de la population insulaire, et il est représenté dans de nombreuses églises de Corse. Ce tableau serait la copie de celui exécuté par Guido Remi, au XVIIe siècle, pour l'église des capucins à Rome.

L'autel majeur est surmonté d'une toile figurant le pape Saint Grégoire le Grand, et un personnage agenouillé adorant la vierge. La représentation de Grégoire le Grand n'étonne pas. La correspondance de ce pape, élu en 1590, montre qu'il avait beaucoup de sollicitude envers la Corse.

Dans le chœur, les stalles des chanoines aux colonnes torsadées datent de 1750, donc du règne de Louis XV. Sur la droite, le trône des évêques d'Aleria. Sur la gauche celui de Saint Alexandre Sauli, avec les armoiries du Saint.

L'orgue était initialement au couvent Saint François de Campulori sur la commune de Cervione, transféré à la cathédrale entre 1797 et 1861. Saura t'on jamais s'il fut construit en Corse ou bien " importé " d'Italie par des franciscains.